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(1) 准备室
制备室用于培养基制备和样品处理。 房间内有试剂柜、存放器具或材料的柜台、实验台、电炉、冰箱、水和污水、电源等。
(2) 盥洗室
洗漱间用于洗涤餐具等。 由于使用过的器具已经被微生物污染，有时会存在病原微生物。 因此，在条件允许的情况下，设置洗漱间。 室内应配备取暖器、蒸笼、盆、桶等洗涤用具，以及各种瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
(3) 灭菌室
杀菌室主要用于培养基的杀菌和各种器具的杀菌。 房间内应配备高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备设施。
(4) 无菌室
无菌室又称接种室，是进行细菌系统接种、纯化等无菌操作的实验室。 在微生物工作中，菌种的接种和移植是一项重大操作。 该操作的特点是保证菌种纯种，防止杂菌污染。 在一般环境的空气中，由于存在很多灰尘和细菌，容易造成污染，大大干扰接种工作。
1、无菌室的设置
无菌室的设置应遵循经济、科学的原则。 基本要求如下：
(1)无菌室应有内室和外室，内室为无菌室，外室为缓冲室。 空气消毒的房间容积不宜过大。 内房面积为2×2.5=5m2，外房面积为1×2=2m2。 高度应小于2.5m，并应有天花板。
(2)内室应设置推拉门，以减少空气波动。 门应位于离工作台远的位置； 外房的门也应该是推拉门，应该位于离内房远的位置。 .
(3)在分隔内外室的墙上或“隔扇”上应开一个小窗，作为接种过程中货物内外通行的必要通道，以减少进入的人数。 离开内室，降低污染程度。 小窗宽60厘米，高40厘米，厚30厘米，内外挂着窗框。
(4)无菌室容积小而紧凑。 使用一段时间后，室内温度很高，应设置通风窗。 通风窗应设置在内室进门的天花板上（即离工作台远的位置），是双层结构，外层是百叶窗，内层可以是窗扇 窗户。 内室使用后、消毒前可打开通风窗，使空气流通。 有条件的可以加装恒温恒湿机。
2. 无菌室内设备和用具
（1）无菌室内的工作台，不论是什么材质、用途的，都要求表面光滑和台面水平。
（2）在内室和外室各安装一个紫外灯（多为30W）。内室的紫外线灯应安装在经常工作的座位正上方，离地面2m，外室的紫外线灯可安装在外室中央。
（3）外室应有的工作服、鞋、帽、口罩、盛有来苏儿水的瓷盆和毛巾、手持喷雾器和5%石炭酸溶液等。
（4）内室应有酒精灯、常用接种工具、不锈钢制的刀、剪、镊子、70%的酒精棉球、工业酒精、载玻璃片、特种蜡笔、记录本、铅笔、标签纸、胶水、废物筐等。
3. 无菌室的灭菌消毒
（1）薰蒸：这是无菌室彻底灭菌的措施。无菌室使用了较长时间，污染比较严重时，应进行薰蒸灭菌。可用甲醛、乳酸或硫磺薰蒸。
（2）喷雾：在每次使用无菌室前进行。喷雾可促使空气中微粒及微生物沉降，防止桌面、地面上的微尘飞场，并有杀菌作用。可用5%石炭酸喷雾。
（3）紫外线照射：在每次使用无菌室前进行。紫外线有较好的杀菌效果。通常应开启紫外线灯照射30～60min。
无菌室工作规程
（1）无菌室灭菌。每次使用前开启紫外线灯照射30min以上，或在使用前30min，对内外室用5%石炭酸喷雾。
（2）用肥皂洗手后，把所需器材搬入外室；在外室换上已灭菌的WORK服、工作帽和工作鞋，戴好口罩，然后用2%煤酚皂液将手浸洗2分钟。